苗圃綠化雜草的防除，一直是生產上的一個難題。目前雜草的防除方法大多是人工拔除、耕作、地膜覆蓋等，其實在木本花卉苗圃里最簡單有效的方法是使用除草劑。
對于一、二年生苗木，可在雜草萌發前使用對苗木安全性較高的除草劑。例如用2.5%除草醚可濕性粉劑每畝400-600克，拌過篩干細土每畝40公斤撒施，可防除1年生菊科和禾本科雜草，有效期可達1個月。此外，也可在雜草生長旺盛期使用一些除草劑進行莖葉處理，如用12.5%蓋草能乳油每畝40-80毫升，加水40公斤，配成藥液噴灑，能有效防除多種一年生禾本科雜草。如苗圃中雙子葉雜草較多時，也可用10.8%高效蓋草能乳油加3.5%果樂乳油混用，配比1∶1，有針對性地在苗木行間進行葉面處理，能有效防除一年生單、雙子葉雜草，對苗木生長無不良影響。
對于兩年生以上的苗木，可選用除草醚或50%撲草凈可濕性粉劑每畝100-200克，拌過篩干細土40公斤撒施，可防除看麥娘、早熟禾、千金子、薺菜、旱稗、馬唐等雜草。對于基干較高、二次移栽的大苗及幼樹，可在樹冠下用10%草甘膦水劑每畝750毫升，或20%百草枯水劑每畝100-200毫升，40%阿特拉津懸浮劑每畝150-250毫升，配成藥液，噴于土表。
可根據莖葉形態差異用藥。有些闊葉苗木如茶花、含笑、廣玉蘭、女貞等，也可用草甘膦定向噴霧進行莖葉處理；其他闊葉苗木如合歡、紫荊、木槿等，不能用草甘膦，但在萌芽前可用24%果樂乳油每畝10-15毫升，拌干細土制成干藥土撒施，然后用清水洗苗，防除一年生單、雙子葉雜草效果好，而對苗木無害。一般針葉花木比闊葉花木抗藥性強。對于金錢松、松柏、側柏等，可用10%草甘膦水劑每畝750毫升，加水配成藥液直接進行莖葉處理，能有效殺死茅草、刺兒菜、苦賣菜等多年生雜草，對苗木比較安全。